Никогда не пользовался нерой, флак перегонял только в lossy atrac, а СД диски рипал напрямую в SS. поэтому ничего по этому поводу сказать не могу. Поскольку пользуюсь SF, видел что есть возможность рипанья flac -> atrac. Насчет автоматической перекодировки AA3, возможно, хотя само расширение файла не меняется. Меняется ли размер - не проверял. Да и как-то даже не заморачивался на этом, ибо играет, разницы не слышу, я и не заморачиваюсь.
Вобщем, я просто предложил способ который имеет место быть. Пользоваться им или нет - пусть каждый сам для себя решает.