Может кому то будет интересно, попробовал извлечь wav с помощью EAC и запустил через cue, в этом варианте на второй трек нормально переходит и тишина в паузах, никаких щелчков, хотя сегодня их так не было. Вообще плеер нравится всё больше, не жалею что купил.