Опять таки совместимость. Android основан на ядре Linux, нативной (родной) поддержки exFAT ни Linux ни Android не имеют, все реализовано сторонними
проприетарными драйверами. Для этих операционных систем родной является как раз
EXT файловая система, но ее не поддерживает Windows. А плеер нужно перепрошить, SD карты под рукой нет, как быть? Поддержка FAT уже давно в ядре Linux, хоть и не родная ФС, а для Windows это родная ФС. Скажем исп. FAT32 на встроенной памяти носит характер универсальности, в первую очередь можно перепрошить устройство и уже потом для хранения данных. Многие устройства и материнские платы прошиваются с флешек на которых
только FAT32. Скорее всего андроид при загрузке автоматически не
монтирует exFAT (вот и не появляется внутренняя память), а при обнаружении накопителя на шине SD/USB диск монтируется к системе (появляется SD карта).